O Instituto Florestal vem prestando importantes serviços a sociedade na área florestal, científica e ambiental, sendo pioneiro nas atividades de reflorestamento e vem atendendo a demanda conservacionista, sendo que a pesquisa veio na esteira das atividades de produção e conservação, formando o trinômio básico que ainda hoje dá sustentação política e financeira ao Instituto.
Dessa forma, com a dinâmica de sua estrutura, o Instituto Florestal procura atender às necessidades da comunidade quanto ao repasse de tecnologia, ao fornecimento de produtos e subprodutos florestais e ampliar as ofertas dos valores indiretos e diretos que a floresta possa fornecer.
Assim sendo, toda pesquisa desenvolvida nas Unidades do Instituto Florestal é captada pela Comissão Técnico Científica (COTEC) e aprovada pelo Conselho Técnico do Instituto, sendo os respectivos projetos enquadrados nos seguintes Programas Institucionais:

1. GENÉTICA FLORESTAL

Objetivos - assegurar a habilidade das espécies arbóreas em se adaptar às mudanças ambientais; manter a base genética para a produção e outros benefícios que possam ser explorados pela seleção futura, em atividades de melhoramento; conservar in situ a diversidade genética de populações de espécies arbóreas, ameaçadas de extinção, de ocorrência no Estado de São Paulo; e, conservar ex situ a diversidade genética de populações de espécies arbóreas do Estado de São Paulo e de espécies exóticas, que se encontram em alto risco de extinção, e daquelas que se pretende utilizar em programas de melhoramento ou produção de sementes.

2. FAUNA

Objetivos - incrementar o conhecimento geral e específico sobre a fauna do Estado de São Paulo visando sua conservação; inventariar a fauna das Unidades de Conservação tanto quantitativa como qualitativamente; propor e incentivar estudos sobre a ecologia, status e distribuição das espécies, priorizando as raras, as ameaçadas, as endêmicas e as migratórias; reconhecer áreas prioritárias para a conservação da fauna silvestre e a criação de Unidades de Conservação.

3. GESTÃO DE ÁREAS PROTEGIDAS

Objetivos – otimizar os resultados das pesquisas científicas realizadas nas Unidades de Conservação e que vêm gerando subsídios diretos e indiretos para o planejamento e a gestão das áreas protegidas.

4. LEVANTAMENTO, MAPEAMENTO E MONITORAMENTO DO MEIO BIOFÍSICO

Objetivos - inventariar, mapear e monitorar o meio físico/biótico visando à gestão ambiental das Unidades de Conservação e seu entorno imediato; pesquisar, analisar, interpretar e relacionar os atributos, processos e mecanismos relacionados aos recursos ambientais para adequação ao manejo da terra; e, criar banco de dados digitais das Unidades do Instituto Florestal e outras áreas de interesse para constante atualização.

5. SILVICULTURA

Objetivos – Pesquisar e desenvolver tecnologia sobre produção de sementes, mudas, implantação de povoamentos florestais econômicos e conservacionistas

6. TECNOLOGIA DE BIO-RECURSOS

Objetivos - propor, coordenar e executar as diretrizes de pesquisa com bio-recursos no âmbito das Unidades do Instituto Florestal; pesquisar novas formas e ampliar as alternativas de utilização de produtos e subprodutos florestais; e, promover o uso múltiplo sustentável dos bio-recursos.

7. VEGETAÇÃO

Objetivos - ampliar e fortalecer o conhecimento sobre a biodiversidade dos ecossistemas naturais do Estado de São Paulo, visando a sua conservação, recuperação e manejo sustentável; atender aos Planos de Manejo das Unidades de Conservação; dar suporte para a recuperação de áreas degradadas; dar suporte à educação ambiental; respaldar a indicação de áreas ou espécies prioritárias para a conservação; listar espécies de plantas ameaçadas de extinção e apontar locais prioritários para adotar medidas de conservação; atender à avaliação de impactos ambientais; mapear a distribuição geográfica das espécies vegetais nativas; produzir guias de campo sobre plantas nativas; e, dar suporte a conservação genética de espécies nativas.