O Instituto Florestal do Estado de São Paulo tem como missão Proteger o Patrimônio Natural e Cultural, Pesquisando, Recuperando e Manejando a Biodiversidade associados à instituição, na perspectiva do desenvolvimento sustentável do Estado de São Paulo.
Essa preocupação com a preservação data de 1886, com a Seção de Botânica e Meteorologia da Comissão Geográfica e Geológica da Província de São Paulo, que em 1911 passa a se chamar Serviço Florestal.

As pesquisas foram iniciadas já em 1897, logo após a desapropriação de gleba pertencente ao engenho da Pedra Grande em 1896. Naquele ano construíram as primeiras sementeiras de espécies florestais, cujo objetivo foi de proteger amostras dos ecossistemas nacionais, assim como espécies exóticas oriundas de vários países, entre os quais: Índia, Austrália, Filipinas e Cuba. Neste período destaca-se a atividade referente ao estudo botânico e sistemático das essências florestais, bem como observações sobre época de floração, frutificação, queda das folhas e sua renovação tanto nos vegetais cultivados, como nos espontâneos. Complementando essas atividades, foi montado um posto meteorológico classificado posteriormente como Estação Meteorológica nº 83.856.

Em 1909 começa a ser desenvolvido estudo sobre a flora dendrológica visando gerar conhecimentos para a reconstituição das florestas do Estado, o que demonstra a preocupação dos que estavam à frente dos assuntos florestais. Em 1911 o Horto Botânico e Florestal foi extinto surgindo o Serviço Florestal que passou a cuidar especificamente da silvicultura. Neste período houve um grande avanço na cultura do gênero Eucalyptus, o que o caracterizou como pioneiro na sistematização dos plantios desse gênero e posteriormente para a cultura de Pinus.

Como conseqüência, a Instituição inicia um programa para obtenção de melhor qualidade de suas plantas servindo, posteriormente, para implantação de programas de melhoramento genético, testes de progênie, melhoria de qualidade e quantidade de madeira e resinas (produtividade), bem como a produção de sementes. Quanto às espécies nativas a luta institucional têm sido, também, pela preservação da Flora e da Fauna.

Aspectos e técnicas silviculturais como reprodução por meio vegetativo; colheita, beneficiamento, armazenamento, germinação e qualidade de sementes; processos de clonagem em espécies florestais; também são focos de estudos.

As demandas industriais e de produção de energia das décadas de 1950/60 levaram o Instituto Florestal a definir parâmetros à introdução de essências produtoras de madeira com fibra longa, como é o caso dos Pinus. Técnicas de desdobro, métodos de secagem e tratamento de madeira também foram estudados melhorando a produtividade e a qualidade do material produzido.

Atualmente, pomares de sementes e bancos clonais oferecem material com ganho genético em produção de madeira e resina, superior ao das sementes originais, sendo fonte para algumas regiões de origem.

O Instituto Florestal vem prestando importantes serviços à sociedade na área florestal, científica e ambiental, atendendo a demanda conservacionista, sendo que a pesquisa veio na esteira das atividades de produção e conservação, formando o trinômio básico que ainda hoje dá sustentação política e financeira ao Instituto.

Isso propiciou à Instituição atender às necessidades da comunidade quanto ao repasse de tecnologia, ao fornecimento de produtos e subprodutos florestais e ampliar as ofertas dos valores indiretos e diretos que a floresta possa fornecer, propiciando também, o desenvolvimento de projetos, cooperações e parcerias, nacionais e internacionais com órgãos de ensino, pesquisa e desenvolvimento, sendo colocado todo o processo de pesquisa à disposição da comunidade, por meio de publicações especializadas.

Assim sendo, toda pesquisa desenvolvida nas Unidades do Instituto Florestal é captada pela Comissão Técnico Científica (COTEC) e aprovada pelo Conselho Técnico do Instituto, onde atualmente se encontram registrados mais de 1.300 projetos de pesquisas nas diferentes áreas de atuação, tais como: Fauna; Educação Ambiental; Planejamento e Manejo de Florestas Implantadas; Planejamento e Manejo de Áreas Silvestres; Melhoramento Genético; Geoprocessamento e Inventário Florestal; Ecologia, Botânica e Sistemática Vegetal; Levantamento, Mapeamento e Zoneamento do meio biofísico; entre outras.